นายเกริกไกร จีระแพทย์ เริ่มรับราชการในกระทรวงพาณิชย์ เคยได้รับตำแหน่งสำคัญในกระทรวงพาณิชย์ อาทิ รองปลัดกระทรวงพาณิชย์ อธิบดีกรมเศรษฐกิจการพาณิชย์ เอกอัครราชทูตผู้แทนถาวรไทยประจำองค์การการค้าโลก อธิบดีกรมการค้าต่างประเทศ และปลัดกระทรวงพาณิชย์เป็นตำแหน่งสุดท้าย

ในการจัดตั้งรัฐบาลชั่วคราวหลังการรัฐประหาร พ.ศ. 2549 ซึ่งนำโดยพลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์ นายกรัฐมนตรี นายเกริกไกร จีระแพทย์ ได้เข้ามาดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์[1]